Les activités musicologiques du CMAM ont commencé dans le sillage des manifestations qui ont accompagné l’inauguration officielle de cette institution en décembre 1992 : le colloque intitulé « Liens et Interactions entre les Musiques Arabes et Méditerranéennes », qui a réuni pas moins de 50 musicologues, venus des différentes régions du monde devait aider à installer cette nouvelle institution sur l’échiquier de la recherche musicologique, non seulement dans les régions arabe et méditerranéenne, mais aussi à l’échelle mondiale.
Toutefois, il a fallu attendre 4 ans avant que le CMAM ne reprenne ses activités scientifiques en abritant une série de journées scientifiques et artistiques dédiées chacune à un instrument parmi les instruments phares de la musique en Tunisie (à savoir le ʿūd, le qānūn, le nāy en plus du violon et des instruments de percussion). Les tables rondes organisées dans le cadre de ces journées, qui allaient se prolonger jusqu’en 2004, étaient accompagnées par des soirées musicales, auxquelles étaient invités les meilleurs praticiens des instruments à l’honneur, venant du monde arabe et de la Méditerranée.
Entre-temps, le CMAM organisait fin 1998 une rencontre scientifique, consacrée à un témoin et acteur de l’intense activité de recherche, qui a eu lieu au palais Ennejma Ezzahra du temps du baron R. d’Erlanger et après sa disparition. Il s’agit de son collaborateur et de secrétaire particulier feu Manoubi Snoussi. Cette rencontre était accompagnée d’une exposition documentaire consacrée à la vie et à l’œuvre de cette personnalité.
D’autres expositions similaires et tables rondes ont été mises sur pied pour apporter de la lumière sur la vie et l’œuvre de quelques grandes figures de la musique en Tunisie dont Abdelhamid Belalgiya, Mohammed Jammoussi et Saliha.
Les colloques nationaux et internationaux qui devraient suivre à partir de 2011, seront consacrés à des thématiques portant sur la musique tunisienne, maghrébine et arabe en général. En 2011 : Colloque national sur les traditions musicales dans les régions tunisiennes, en 2014 : Colloque international sur les traditions musicales en Afrique du Nord.
Comme suite à ce colloque, une collaboration a été mise en place avec le Centre de Recherches en Ethnomusicologie pour la mise en place et le développement de la plateforme Telemeta de documentation et d’accès en ligne aux documents sonores et audiovisuels. En 2016 : Journée sur les documents audiovisuels liés au festival de Testour de Malūf et de musiques traditionnelles.
L'activité de recherche porte aussi sur l'organologie. Parmi les recherches effectuées dans le cadre des activités de l'atelier de lutherie du CMAM, on retiendra le projet de reconstruction d'un ʿūd à partir d'un manuscrit qui daterait du XIe siècle. Les recherches se sont aussi orientées vers la facture des instruments de musique traditionnelle tunisienne et l’étude des techniques ancestrales de leur fabrication.
La promotion et la diffusion des études et recherches relatives à la musique ainsi que l'établissement du patrimoine musical font aussi partie des missions fondamentales du Centre.
Dans ce cadre, le CMAM a démarré au cours de l'année 1998 une opération d'envergure visant à l'établissement et l’édition sous forme de monographie d'une série d'émissions radiophoniques (188 au total) produites et diffusées au début des années soixante par la chaine internationale de Radio Tunis. Intitulées « Initiation à la musique tunisienne », ces émissions ont été l’œuvre du collaborateur et secrétaire particulier du baron R. d’Erlanger, feu Manoubi Snoussi. Ce travail de valorisation des émissions se poursuit actuellement en ligne et vise à faire joindre les documents originaux de préparation des émissions aux enregistrements sonores.
Les activités de recherche se focalisent à présent sur la documentation liée au travail accompli par le baron Rodolphe-François d’Erlanger et son équipe. Une base de données en ligne a été mise en place permettant à une équipe de documentalistes et de chercheurs de faire l’inventaire détaillé et la description de ces documents ainsi que leur numérisation. Leur valorisation se fait progressivement à travers le portail d'archives dédié au projet.
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